激素波动假设
女性怀孕后，胎盘会分泌一种绒毛膜促性腺激素，这种激素与孕吐反应关系密切。它是在精子和卵子结合的第七天产生，妊娠第八周到第十二周达到高峰，妊娠中后期迅速下降，分娩后消失。因此，孕吐孕妈妈一般12周后，妊娠反应会逐渐减少乃至消失。
绒毛膜促性腺激素的一项功能就是刺激孕酮的生成，孕妈妈受孕酮分泌增加的影响，消化功能发生了一系列的变化。如胃肠道平滑肌松弛、张力减弱、蠕动减慢，胃排空及食物肠道停留时间延长，孕妈妈出现饱胀感及便秘。孕期消化液和消化酶分泌减少，易出现消化不良。由于贲门括约肌松弛，胃内容物可逆流入食道下部，引起烧心或反胃。以上种种消化道功能的改变，就导致了孕妈妈恶心、呕吐、食欲下降等症状。目前，这种激素波动假设有着相对较多的数据支持。
保护胎儿的假设
孕吐可以让孕妈妈免于摄入那些可能对自身和胎儿造成危害的食物。就像植物为了不让虫子吃掉而合成一种有毒的物质。胎儿发育的关键时期正处于孕早期，也是孕吐反应最严重的时期，当胎儿身体成型，不太脆弱的时候，孕妈妈也慢慢的不受孕吐的折磨了。因此，有人认为孕吐反应是对胎儿的一种保护。
排异假设
胎儿对于母体来说是一种异物，因为它携带了一部分来自于一个男人的基因。母体会对非自身的物质产生一种排异反应，这种反应就是孕吐。