首先，孕早期（特别是孕8周前）是胎儿各器官形成的关键时期，也是容易导致胎儿畸形的重要阶段，通常是不需要B超检查的。除非对下列情况：阴道流血及腹痛者，需排除异常妊娠，如宫外孕、葡萄胎、稽留流产。孕前或早孕时有盆腔包块或子宫肌瘤的病人，需要B超检查协助诊断，为今后的治疗提供依据。停经时间不清，根据症状、体征难正确估计孕周者。一般在孕10～13周检查较为合适。
孕中、晚期胎儿各器官已经形成，B超检查还是相对比较安全的。从孕20周起就应定期进行B超检查。孕20周左右观察胎头、脊柱、心脏、肺、胃肠、双肾、膀胱、外生殖器、四肢。此时，胎儿四肢舒展，是四肢等大的畸形检查的最佳时期。孕24～32周重点观察胎儿鼻唇部、心脏，可发现鼻唇部、心脏的畸形情况。足月妊娠（孕37～41周）注重胎位、脐带、羊水、胎盘分期、估计胎儿大小，脐血流了解胎儿安危。
此外，有下列高危因素的孕妇更有必要在24～28周进行胎儿超声心动检查：有先天性心脏病史者；母体患糖尿病、结缔组织疾病；妊娠期母体接触过特殊药物或受到感染；母体酒精中毒；高龄孕妇及不正常孕产史；胎儿心律失常、胎儿水肿、染色体异常。