羊肉
南瓜子和羊肉都属于热性的食物，相结合会产生腹胀、便秘的可能性。尤其是患感染性疾病和发热症状者更不能食用，以免导致病情恶化。
咖啡
南瓜子的含铁量丰富，铁与维生素C是互相关联的，可是跟咖啡却是相克的，因此在吃南瓜籽等含铁丰富的食物时，不宜同时喝咖啡或喝茶，否则会影响铁质的吸收。
富含鞣酸的食物
南瓜子中含有丰富的蛋白质，若是和一些富含鞣酸的食物同吃，其蛋白质和鞣酸会发生络合反应，导致南瓜子的营养成分降低，还会加重消化负担。
常见的富含鞣酸的食物有：柿子、竹笋、酸梨、酸布林、石榴皮等。
富含脂肪酸的食物
南瓜子本身油脂含量就极高，不好消化，若再和富含脂肪酸的食物同吃，肠胃的消化负担会更大，很容易影响消化。另外，南瓜子中还含有一定的不饱和脂肪酸，若和大量的饱和脂肪酸食用会降低不饱和脂肪酸的吸收率，降低南瓜子的营养价值。
常见的富含脂肪酸的食物有：肥肉、东坡肉、蚝油、沙拉酱、禽类皮等。
